结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)是一种重要的全球致病菌,其引发的结核病具有极高的致死率。1998年,结核分枝杆菌的标准株H37Rv完成了基因组测序,基因组大小约为44Mb,包含3,900多个蛋白编码基因。目前,该细菌已被分为7个主要谱系,已知的耐药基因包括embB、rpoB和gyrA等。
新一代测序技术在结核病监测中的应用
2023年10月17日,世界卫生组织(WHO)在其官网上发布了《应用新一代测序检测技术开展耐药结核病监测的实施性手册》。WHO认为,新一代测序(NGS)能够提供全面的耐药谱系检测,减少对表型药敏检测的依赖,对于那些表型药敏检测结果不可靠的药物尤为重要。NGS技术将为制定结核病治疗方案提供更全面的耐药谱检测,从而提升化疗方案的精准性。
QIAseqxHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel的优势
由于结核杆菌基因组较大,目前的靶向结核NGS方法(tNGS)往往无法涵盖所有亚型和耐药基因。虽然全基因组测序(WGS)可以覆盖整个基因组,但它需要培养物以确保检测的可靠性。为此,环亚集团·AG88推出了QIAseqxHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,该试剂盒无需培养即可实现结核全基因组靶向建库,覆盖7种主要谱系亚型以及所有已知的耐药基因。
样本处理与数据分析
QIAseqxHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel基于杂交捕获技术,支持痰液、脑脊液和粪便等样本的TB全基因组测序,起始DNA需求仅为10ng,无需提前培养。此技术具备高特异性和灵敏度的捕获探针,即使在低拷贝样本中也能实现基因组的高覆盖,尤其在难以覆盖的PE/PPE基因区域也能够均匀实现高深度覆盖,从而明确分型。
便捷的数据处理工具
获得TB全基因组数据后,用户可以利用CLC Genomics Workbench中的结核分枝杆菌分析工具和流程,一键完成质量控制、序列比对、谱系鉴定以及耐药变异的分析。此外,用户还可进行变异注释、比较、评估变异对蛋白结构的影响,以及构建cgMLST分型、最小生成树和SNP树等分析。
相关产品与未来展望
除了QIAseqxHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,环亚集团·AG88还推出了QIAseqxHYB HepC Panel,用于丙型肝炎病毒的全基因靶向测序,同样覆盖了所有丙肝病毒亚型,并与CLC Genomics Workbench生物信息分析系统无缝对接,实现一键获取分析结果。此外,环亚集团·AG88还将推出针对客户需求的定制化靶向Panel,敬请期待!如需了解更多信息,请扫描下方二维码联系我们。